Controversia, años finales y separación

En junio de 1966 salió a la venta Yesterday and Today, un álbum creado por Capitol Records para el mercado estadounidense. El disco causó gran impacto por su portada, al retratarlos vestidos de carniceros rodeados de piezas de carne y muñecas de plástico mutiladas. Una popular historia, aunque apócrifa, fue que la foto de la portada habría que entenderla como una respuesta satírica al modo que empleó Capitol en masacrar los álbumes originales del grupo. Ante la controversia y escándalo que la portada de este álbum despertó, decidieron cambiarla por una nueva más convencional. Una copia original sin censura fue subastada en 10.500 dólares en diciembre de 2005. Durante una gira por Filipinas, un mes después de que saliera a la venta Yesterday and Today, fueron invitados a un desayuno en el Palacio Presidencial por parte de la primera dama del país, Imelda Marcos. Cuando se presentó la invitación, Epstein la rechazó cortésmente en nombre del grupo, ya que nunca había sido su política el aceptar este tipo de invitaciones oficiales. The Beatles se dieron cuenta pronto de que el régimen de Marcos no estaba acostumbrado a tomar un "no" por respuesta. Como resultado de esto, tuvieron que escapar del país a causa de los disturbios que se habían ocasionado.

  Al poco tiempo, a punto de comenzar la tercera gira por Estados Unidos, se encontraron con la reacción furibunda de algunos de los religiosos y conservadores de aquel país, debido a un comentario que Lennon había hecho el marzo pasado: en una entrevista con la periodista británica Maureen Cleave, opinó que la religión cristiana estaba por entonces en franco declive, y que The Beatles eran en ese momento más populares que Jesucristo. El comentario pasó prácticamente desapercibido en Inglaterra, pero cuando la revista Datebook la publicó en Estados Unidos, se creó una gran controversia entre los grupos religiosos del sur de Estados Unidos. Al mismo tiempo, ocasionó también que en Sudáfrica el gobierno prohibiera la publicación de grabaciones de The Beatles, acta que se extendió hasta 1971. Epstein criticó públicamente a Datebook, diciendo que habían interpretado las palabras de Lennon fuera de contexto. Finalmente, Lennon tuvo que disculparse públicamente por su comentario en una conferencia de prensa en Chicago el 11 de agosto de 1966.